Trường hợp nộp hồ sơ trực tiếp: nếu hồ sơ đầy đủ thì cấp giấy biên nhận hồ sơ và hẹn kết quả theo thời hạn quy định; nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định thì trả lại ngay và hướng dẫn chủ đầu tư hoàn thiện hồ sơ.

Trường hợp nhận hồ sơ qua hệ thống bưu chính hoặc hình thức phù hợp khác: nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, trong thời gian 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Sở Giao thông vận tải có văn bản yêu cầu chủ đầu tư bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được hồ sơ theo quy định, Sở Giao thông vận tải có văn bản chấp thuận xây dựng bến thủy nội địa trên đường thủy nội địa địa phương, đường thủy nội địa chuyên dùng nối với đường thủy nội địa địa phương và gửi cho chủ đầu tư. Trường hợp không chấp thuận phải có văn bản trả lời nêu rõ lý do.

+ Đối với bến thủy trên đường thủy nội địa quốc gia, đường thủy chuyên dùng nối với đường thủy nội địa quốc gia, trước khi có văn bản chấp thuận, Sở Giao thông vận tải phải lấy ý kiến của Chi Cục Đường thủy nội địa về vị trí và ảnh hưởng của bến đối với luồng và phạm vi bảo vệ các công trình khác ở khu vực. Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được công văn đề nghị của Sở Giao thông vận tải kèm hồ sơ theo quy định, Chi Cục Đường thủy nội địa có văn bản trả lời.

+ Đối với bến thủy nội địa nằm trong vùng nước cảng biển, trước khi chấp thuận chủ trương xây dựng bến thủy nội địa, Sở Giao thông vận tải phải lấy ý kiến bằng văn bản của Cảng vụ Hàng hải khu vực. Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được công văn đề nghị của Sở Giao thông vận tải, Cảng vụ Hàng hải khu vực có văn bản trả lời.

+ Đối với bến khách ngang sông, trước khi có văn bản chấp thuận, Sở Giao thông vận tải phải lấy ý kiến của Ủy ban nhân dân cấp xã nơi dự kiến xây dựng bến. Trong thời hạn 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày nhận được công văn đề nghị của Sở Giao thông vận tải kèm hồ sơ theo quy định, Ủy ban nhân dân cấp xã có văn bản trả lời.