Cấp giấy phép cho các hoạt động trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi: Xây dựng công trình mới; khoan, đào khảo sát địa chất, thăm dò, khai thác khoáng sản, vật liệu xây dựng, khai thác nước dưới đất; xây dựng công trình ngầm thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Nông nghiệp và PTNT

Bước 1: Nộp hồ sơ: Tổ chức, cá nhân gửi hồ sơ đến Cục Thủy lợi - Bộ Nông nghiệp và PTNT.

Bước 2: Hoàn chỉnh hồ sơ:
Trong 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm xem xét, kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ và trình cơ quan có thẩm quyền phê duyệt; trường hợp hồ sơ chưa hợp lệ, cơ quan tiếp nhận hồ sơ thông báo cho tổ chức cá nhân đề nghị cấp giấy phép hoàn chính hồ sơ theo quy định.

Bước 3: Xem xét hồ sơ và trình phê duyệt
Trong thời hạn 25 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đầy đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan có thẩm quyền cấp giấy phép tổ chức thẩm định hồ sơ, nếu đủ điều kiện thì cấp phép; trường hợp không đủ điều kiện thì thông báo lý do không cấp giấy phép.