Cấp phép xuất khẩu loài thủy sản có tên trong Danh mục loài thủy sản cấm xuất khẩu hoặc trong Danh mục loài thủy sản xuất khẩu có điều kiện nhưng không đáp ứng đủ điều kiện (đối với mục đích nghiên cứu khoa học, hợp tác quốc tế)

a) Tổ chức, cá nhân gửi hồ sơ đến Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư;
Trường hợp nộp hồ sơ trực tiếp: Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư kiểm tra thành phần hồ sơ và trả lời ngay khi tổ chức, cá nhân đến nộp hồ sơ;
Trường hợp nộp hồ sơ qua dịch vụ bưu chính hoặc qua môi trường mạng: Trong thời hạn không quá 02 ngày làm việc, Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư xem xét tính đầy đủ, nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư thông báo cho tổ chức, cá nhân biết để bổ sung;
b) Trong thời hạn 10 ngày làm việc, Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư xem xét nội dung hồ sơ, trình Bộ Nông nghiệp và Môi trường xin ý kiến của Thủ tướng Chính phủ;
c) Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư tham mưu Bộ Nông nghiệp và Môi trường xem xét cấp phép xuất khẩu loài thủy sản theo Mẫu số 37.NT Phụ lục III ban hành kèm theo Nghị định số 26/2019/NĐ-CP cho tổ chức, cá nhân sau khi Thủ tướng Chính phủ đồng ý. Trường hợp Thủ tướng Chính phủ không đồng ý hoặc nội dung hồ sơ không đạt, Cục Thuỷ sản và Kiểm ngư trả lời tổ chức, cá nhân bằng văn bản nêu rõ lý do.