Thủ tục xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa (theo quy định tại Điều 47 Luật Quản lý thuế số 78/2006/QH10 ngày 29/11/2006 được bổ sung tại khoản 13 Điều 1 Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật Quản lý thuế, Điều 29 Nghị định 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013 và Điều 49 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015)

+ Bước 1:
Người nộp thuế khai đầy đủ các chỉ tiêu thông tin quy định tại mẫu số 03 Phụ lục IIa - Chỉ tiêu thông tin về thuế và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu - ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính (được bổ sung tại Phụ lục IV Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính) gửi đến cơ quan hải quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Trường hợp hồ sơ giấy người nộp thuế nộp công văn đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 27/CVĐNHNT/TXNK Phụ lục VI – Biểu mẫu về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu - ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính (được thay thế bởi Phụ lục III Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính).

+ Bước 2: Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thực hiện kiểm tra thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử, nếu xác định kê khai của người nộp thuế là chính xác thì phản hồi thông tin về việc hồ sơ kê khai đã được chấp nhận cho người nộp thuế. Trường hợp xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác, cơ quan hải quan phản hồi thông tin từ chối tiếp nhận hồ sơ thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.
Trường hợp hồ sơ giấy cơ quan hải quan tiếp nhận, kiểm tra, đối chiếu nội dung đề nghị của người nộp thuế với các quy định của pháp luật về quản lý thuế, nếu xác định không đủ điều kiện hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính (được thay thế bởi Phụ lục III Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính) trong thời hạn 08 giờ làm việc.
Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc kể từ ngày nhận được công văn hợp lệ của người nộp thuế đề nghị hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 09/QĐHT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính (được thay thế bởi Phụ lục III Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính) và thông báo cho người nộp thuế. Trường hợp không đủ điều kiện hoàn thuế thực hiện thông báo theo mẫu số 12/TBKTT/TXNK Phụ lục VI ban hành kèm Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/03/2015 của Bộ Tài chính (được thay thế bởi Phụ lục III Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/04/2018 của Bộ Tài chính)