Bước 1: Nộp hồ sơ: Căn cứ thông báo của Bộ Nông nghiệp và Môi trường, tổ chức khoa học và công nghệ, cá nhân đủ điều kiện gửi trực tiếp hoặc qua đường bưu điện hồ sơ đăng ký tham gia tuyển chọn thực hiện nhiệm vụ KH&CN cấp Bộ về Bộ Nông nghiệp và Môi trường;
Bước 2: Kiểm tra hồ sơ: Vụ Khoa học và Công nghệ, Bộ Nông nghiệp và Môi trường tổ chức mở, kiểm tra, xác nhận tính hợp lệ của hồ sơ với sự tham dự của đại diện các cơ quan liên quan (nếu cần), đại diện tổ chức, cá nhân đăng ký tham gia tuyển chọn.
Bước 3: Thẩm định: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường tổ chức Hội đồng tuyển chọn, xét giao trực tiếp tổ chức chủ trì và cá nhân chủ nhiệm thực hiện nhiệm vụ KH&CN cấp bộ đối với những hồ sơ hợp lệ và thẩm định kinh phí thực hiện nhiệm vụ.
Bước 4. Phê duyệt: Căn cứ vào kết quả họp Hội đồng và ý kiến của chuyên gia tư vấn độc lập, Vụ Khoa học và Công nghệ tổng hợp kết quả tuyển chọn, trình Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường phê duyệt tổ chức, cá nhân chủ trì thực hiện nhiệm vụ