Bước 1: Chậm nhất 04 giờ trước khi tàu biển Việt Nam hoạt động tuyến nội địa dự kiến đến cửa khẩu cảng, người làm thủ tục phải khai báo thông tin liên quan đến tàu thuyền, thuyền viên, hành khách (nếu có) theo mẫu biểu quy định trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử và gửi cho Biên phòng cửa khẩu cảng.

Bước 2: Chậm nhất 01 giờ kể từ khi tiếp nhận đầy đủ các bản khai điện tử hợp lệ, Biên phòng cửa khẩu cảng gửi xác nhận hoàn thành thủ tục biên phòng điện tử cho tàu biển Việt Nam hoạt động tuyến nội địa đến cửa khẩu cảng cho người làm thủ tục theo mẫu biểu quy định trên Cổng thông tin một cửa quốc gia hoặc Cổng thông tin thủ tục biên phòng điện tử.

Bước 3: Chậm nhất 02 giờ sau khi tàu neo đậu tại cầu cảng, chậm nhất 04 giờ sau khi tàu neo đậu tại các vị trí khác trong vùng nước cảng, người làm thủ tục phải nộp và xuất trình hồ sơ giấy cho Biên phòng cửa khẩu cảng.