Trường hợp nộp hồ sơ trực tiếp, nếu hồ sơ đầy đủ thì cấp giấy biên nhận hồ sơ và hẹn trả kết quả theo thời hạn quy định; nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định thì trả lại ngay và hướng dẫn chủ bến hoàn thiện hồ sơ

Trường hợp nhận hồ sơ qua hệ thống bưu chính hoặc hình thức phù hợp khác, nếu hồ sơ chưa đầy đủ theo quy định, trong thời gian 02 (hai) ngày làm việc, kể từ ngày nhận hồ sơ, Sở Giao thông vận tải có văn bản yêu cầu chủ bến bổ sung, hoàn thiện hồ sơ.

Trong thời hạn 05 (năm) ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ hồ sơ theo quy định, Sở Giao thông vận tải cấp giấy phép hoạt động bến thủy nội địa, giấy phép hoạt động bến khách ngang sông. Trường hợp không cấp giấy phép phải trả lời bằng văn bản nêu rõ lý do.

Đối với bến khách ngang sông, trường hợp bến ở hai bên bờ đều do một chủ khai thác và thuộc thẩm quyền cấp giấy phép hoạt động của một cơ quan thì chủ khai thác bến khách ngang sông làm đơn đề nghị cấp giấy phép hoạt động bến khách ngang sông theo mẫu, Cơ quan có thẩm quyền cấp một giấy phép hoạt động bến khách ngang sông cho cả hai đầu bến.