- Bước 1: Tổ chức, cá nhân có hàng hóa thuộc đối tượng hoàn thuế quy định tại Điều 114 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính hoặc thuộc đối tượng miễn thuế nhập khẩu hàng hóa phục vụ hợp đồng gia công, khi làm thủ tục hoàn thuế (không thu thuế) không nộp được bản chính tờ khai hải quan tổ chức, cá nhân lưu nộp hồ sơ sao y tờ khai hải quan.

- Bước 2: Chi cục Hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan đề nghị sao y tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và sao y tờ khai:
+ Đối với trường hợp hàng nhập khẩu, xuất khẩu tại cùng một Chi cục Hải quan (trừ trường hợp thuộc đối tượng được hoàn thuế tại khoản 5, khoản 7, khoản 8 Điều 114 Thông tư số 38/2015/TT- BTC ngày 25/3/2015 của Bộ Tài chính:
++ Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu, xuất khẩu lô hàng thực hiện (i) tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ, văn bản chứng minh việc mất tờ khai; (ii) sao y bản chính tờ khai hải quan và ghi chú lên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày ... tháng ... năm”;
+ Đối với trường hợp khác:
++ Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục cho tờ khai doanh nghiệp khai báo mất: (i) tiếp nhận văn bản đề nghị sao tờ khai của doanh nghiệp; (ii) có văn bản đề nghị các Cục Hải quan tỉnh, thành phố có văn bản xác nhận chưa giải quyết hoàn, không thu thuế cho tờ khai bị mất và không thực hiện hoàn, không thu cho tờ khai bản gốc doanh nghiệp khai báo mất; các Cục Hải quan tỉnh, thành phố: (i) tiến hành các công việc quy định, (ii) có văn bản xác nhận/trả lời
++ Sau khi nhận văn bản xác nhận của các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục sao tờ khai: (i) kiểm tra hồ sơ và các văn bản chứng minh việc mất tờ khai; (ii) sao y bản chính tờ khai hải quan và ghi chú lên tờ khai “tờ khai đã được sao y bản chính 01 bản ngày ... tháng ... năm”;

- Bước 3: Chi cục Hải quan nơi làm thủ tục sao tờ khai có văn bản thông báo gửi cục hải quan tỉnh, thành phố trên toàn quốc về việc tổ chức, cá nhân mất tờ khai và xin sao tờ khai; không hoàn thuế, không thu thuế tờ khai bản gốc (bản lưu của người khai hải quan) cho doanh nghiệp khai báo bị mất

- Bước 4: Cơ quan hải quan nơi hoàn thuế thực hiện các công việc theo quy định, kiểm tra trước, hoàn thuế sau; thực hiện hoàn thuế, không thu thuế cho doanh nghiệp, xử lý vi phạm nếu có.