+ Bước 1:
++ Tổ chức, cá nhân khai thác khoáng sản phải nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường chậm nhất là ngày thứ 20 (hai mươi) của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế. Trường hợp tổ chức, cá nhân khai thác khoáng sản (trừ dầu thô, khí thiên nhiên và khí than; tổ chức thu mua gom khoáng sản từ người khai thác nhỏ lẻ) thì nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế nơi khai thác khoáng sản. Trường hợp khai thác dầu thô, khí thiên nhiên và khí than; tổ chức thu mua gom khoáng sản từ người khai thác nhỏ lẻ thì nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
++ Tổ chức khai thác khoáng sản không thường xuyên đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép hoặc không thuộc trường hợp phải cấp phép theo quy định của pháp luật thì phải nộp hồ sơ khai phí bảo vệ môi trường chậm nhất là ngày tứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.
+ Bước 2. Cơ quan thuế tiếp nhận:
Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ theo quy định đối sơ hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc hồ sơ được gửi qua đường bưu chính. Trường hợp hồ sơ được nộp đến cơ quan thuế thông qua giao dịch điện tử, việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận, giải quyết hồ sơ thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan thuế.