+ Bước 1: Tổ chức, cá nhân thuộc đối tượng khai quyết toán phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản lập hồ sơ và gửi đến cơ quan thuế.
Khai quyết toán phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản bao gồm khai quyết toán năm và khai quyết toán đến thời điểm chấm dứt hoạt động khai thác khoáng sản, chấm dứt hoạt động thu mua gom khoáng sản, chấm dứt hoạt động thu mua gom khoáng sản, chấm dứt hoạt động kinh doanh, chấm dứt hợp đồng chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp hoặc tổ chức lại doanh nghiệp.
+ Bước 2. Cơ quan thuế tiếp nhận:
Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ theo quy định đối sơ hồ sơ được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc hồ sơ được gửi qua đường bưu chính. Trường hợp hồ sơ được nộp đến cơ quan thuế thông qua giao dịch điện tử, việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận, giải quyết hồ sơ thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử của cơ quan thuế.